8 июля 1991 г. на территории Карелии в качестве юридического лица была зарегистрирована православная епархия. До официальной регистрации использовалось ее историческое название — Олонецкая, по названию губернии, ликвидированной в 1922 г. Юридический статус Олонецкой епархии был утрачен в 1918 г., в соответствии с одним из первых советских декретов «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». С середины 1940-х гг. епархия находилась в управлении митрополитов Ленинградских и Новгородских, являясь частью Ленинградской митрополии. В 1990 г. в Петрозаводске была восстановлена собственная епископская кафедра, после многолетнего перерыва ее возглавил епископ Мануил (Павлов). Начиная с 1991 г. епархия носила название Петрозаводская, с 1996 г.  — Петрозаводская и Карельская, с 2013 г. вошла в состав Карельской  митрополии (наряду с Костомукшской и Кемской епархией).