В 1940 году в составе СССР появилась новая союзная республика — Карело-Финская советская социалистическая республика. Событием лета 1940 года стало участие 200 физкультурников КФССР в параде на Красной площади в Москве. Еще трижды в 1946, 1947 и 1954 годах карельская делегация участвовала во всесоюзных физкультурных парадах в столице. В феврале 1941 года в Петрозаводске состоялся первый Народный лыжный праздник, ставший до 1976 года главным зимним событием в республике. В первом лыжном празднике приняли участие около 300 спортсменов-участников и более полутора тысяч физкультурников-петрозаводчан.

Война внесла свои коррективы в жизнь страны. В первые же дни войны более 300 спортсменов ушли добровольцами на фронт, многие не вернулись. Физкультурные организации республики перепрофилировались на подготовку бойцов для Красной Армии и партизанских отрядов.

После окончания войны началось восстановление спортивных сооружений, продолжавшееся до 1947 года. В послевоенное время получили развитие такие виды спорта, как лыжи, пулевая стрельба, велосипедный спорт, футбол, волейбол, легкая атлетика. Во всех школах, ремесленных училищах, техникумах работали дипломированные преподаватели физкультуры. Вузы имели кафедры физкультуры. Гороно и спортивные общества открывали молодежные (детско-юношеские) спортивные школы. В 1953 году на территории республики функционировали 13 детско-юношеских спортивных школ. Формировалась система подготовки сборных команд республики по видам спорта. В 1956 году спортсмены КФССР успешно выступили на I Спартакиаде народов СССР, заняли призовые места, представляя СССР на VII Олимпийских играх.